Il settore primario rappresenta poco piu' dell'1,5% del PIL e impiega circa il 4% della forza lavoro. La coltura principale continua a rimanere il riso, che occupa oltre il 40% del terreno coltivato. Il riso costituisce infatti, ancor oggi, il principale alimento dei giapponesi, anche se una significativa sovrapproduzione, dovuta in parte allo sviluppo di alcune varieta' di riso a maggior rendimento, ha tuttavia cominciato a verificarsi con la graduale trasformazione nei consumi alimentari della popolazione.

Il terreno coltivabile e' diviso in piccoli appezzamenti, di cui il 70% inferiori o pari a un ettaro. Le unita' a conduzione famigliare, che rappresentano oggi il 60% degli addetti nel settore, ma che si dedicano alla coltivazione solo part-time di piccoli appezzamenti di terreno, in quanto titolari di redditi stabili provenienti da altra fonte, denotano la fragilita' di un sistema produttivo che per decenni ha beneficiato di un livello di protezione eccezionalmente elevato, che ne ha pero' gradualmente determinato una perdita di competitivita' su scala internazionale. La capacita' di pressione dell'Unione Centrale delle Cooperative Agricole Giapponesi sul governo e' strettamente legata alle dimensioni della propria base, costituita dalla quasi totalita' delle persone impiegate part-time o full-time in agricoltura (circa nove milioni di iscritti), oltre che da una possente struttura amministrativa con attivita' ramificate nei settori bancario, assicurativo, turistico, sanitario-ospedaliero, della meccanica e dell'energia.

Poiche' il pesce rappresenta, dopo il riso, il secondo alimento della popolazione, la pesca riveste un ruolo non secondario nell'economia del Paese. Il Giappone dispone di una delle maggiori flotte da pesca del mondo: la pesca al largo e quella in profondita' (praticata in acque internazionali) forniscono la meta' del pescato totale. L'altra meta' proviene dalla pesca esercitata lungo le coste.

Piu' della meta' della superficie del Paese e' infine ricoperta da foreste. Il Giappone, nonostante sia tra i principali produttori mondiali di legname, deve ricorrere largamente all'importazione per soddisfare la crescente domanda interna.

Il Giappone e' un Paese quasi del tutto privo di risorse naturali. Per tale motivo, circa un terzo delle sue importazioni e' rappresentato dai combustibili fossili. In ragione della crisi energetica, che ha portato all'arresto di quasi tutti i reattori nucleari del Paese, (che fino all'11 marzo 2011 garantivano un approvvigionamento pari a quasi il 30% dell'intero fabbisogno nazionale) nell'ultimo quadriennio si e' registrato un cospicuo incremento nelle forniture di combustibili fossili. Esso e' stato particolarmente accentuato con riferimento ai Paesi che basano l'interscambio con il Giappone quasi esclusivamente sull'export di petrolio e gas naturale, come l'Arabia Saudita, gli Emirati Arabi Uniti, il Qatar, il Kuwait, l'Iran, l'Oman, il Brunei e la Russia. Appare altresi' significativo il fatto che l'import da Paesi lontani ma ricchi di petrolio e gas come il Sudan, la Nigeria e la Guinea Equatoriale abbia conosciuto proprio nel periodo in riferimento una crescita a due e a tre cifre. L'incremento dell'import, inoltre, e' stato fortemente condizionato dalle forniture di combustibili anche in Paesi ricchi di risorse, ma aventi legami commerciali piu' solidi e profondi come la Malaysia, l'Indonesia, l'Australia e gli stessi Stati Uniti d'America, grazie soprattutto alla produzione di carbone.

L'incidente di Fukushima ha inoltre aperto la strada ad un'intensificazione dello sfruttamento delle fonti rinnovabili, che beneficiano oggi di un'attenzione e di investimenti maggiori rispetto a quelli riservati fino a tempi recenti dalle istituzioni governative e dalle compagnie elettriche giapponesi. L'unica fonte energetica rinnovabile interamente sfruttata nel Paese e' rappresentata dall'idroelettrico. Piu' ampi margini di utilizzo sono invece associati a fonti come il solare, l'eolico, il geotermico e le biomasse, che potrebbero tra l'altro rappresentare un proficuo terreno di collaborazione bilaterale con l'Italia.